foodmetaFOOD METAENGINEERINGFOOD METAENGINEERING2949-6497All-Russian Dairy Research Institute10.37442/fme.2025.4.118foodmeta-118Research ArticleОт редактораFrom the EditorВоспроизводимость, стандарты данных и метаданные как инфраструктурные основания пищевой метаинженерии: редакционная позицияReproducibility, Data Standards, and Metadata as Infrastructural Foundations of Food Metaengineering: An Editorial PositionРябоваАнастасия ЕвгеньевнаRyabovaAnastasia E.a_ryabova@vnimi.orgВсероссийский научно-исследовательский институт молочной промышленностиРоссияAll-Russian Dairy Research InstituteRussian Federation20252106202634118Copyright © Рябова А.Е., 20252025Рябова А.Е.Ryabova A.E.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.fme-journal.org/jour/article/view/118Введение

Введение: Пищевая метаинженерия ориентирована на получение переносимых, инженерно-интерпретируемых результатов, связывающих состав, структуру и параметры процесса с функциональными свойствами продукта. Однако достижение переносимости результатов ограничивается не столько дефицитом методов, сколько неоднородностью представления данных, недостаточностью метаданных статей и неполнотой протокольных описаний, что снижает воспроизводимость и затрудняет повторное использование результатов.

Цель

Цель: Представить редакционную позицию относительно роли стандартов данных и практик воспроизводимости в пищевой метаинженерии и предложить минимальный набор требований к рукописям, обеспечивающий проверяемость, сопоставимость и индустриальную пригодность результатов исследований.

Обоснование

Обоснование: Аннотационная аргументация опирается на междисциплинарные рамки воспроизводимости и репликации, принципы FAIR, практику минимальных стандартов информации в смежных областях исследований, а также на издательские политики в части доступности данных, материалов, кода и протоколов.

Основные положения

Основные положения. (1) Публикация в метаинженерной логике должна рассматриваться как воспроизводимый пакет доказательств, а не как описательное сообщение. (2) FAIR следует трактовать как критерии пригодности данных и связанных цифровых артефактов к повторному использованию, включая машинную интероперабельность и прослеживаемость происхождения. (3) Для ключевых поддоменов пищевых исследований требуется институционализация «минимальной информации» о сырье, процессах, пробоподготовке и аналитике. (4) Вычислительная воспроизводимость (код, параметры, версии окружения) становится обязательной там, где выводы зависят от цифровой обработки. (5) Стандартизированное цитирование пищевых данных повышает прослеживаемость и качество вторичного использования.

Заключение

Заключение: Предлагается минимальный редакционный стандарт, включающий обязательное заявление о доступности данных, предоставление протоколов и структурированных метаданных, публикацию вычислительных артефактов при наличии вычислительной компоненты, корректную идентификацию и цитирование наборов пищевых данных и явное описание ограничений доступа. Ожидаемый эффект состоит в повышении сопоставимости исследований, снижении транзакционных издержек повторного использования и укреплении взаимосвязи «лаборатория-производство» для результатов исследований в области пищевой метаинженерии.

Introduction

Introduction: Food metaengineering is focused on obtaining transferable, engineering-interpretable results that link composition, structure, and process parameters to the functional properties of a product. However, achieving transferability of results is limited not so much by a lack of methods as by the heterogeneity of data representation, insufficient metadata in articles, and incomplete protocol descriptions, which reduces reproducibility and hinders the reuse of results.

Purpose

Purpose: To present an editorial position on the role of data standards and reproducibility practices in food metaengineering and to propose a minimal set of requirements for manuscripts that ensure verifiability, comparability, and industrial applicability of research results.

Rationale

Rationale: The annotation argument draws on interdisciplinary frameworks of reproducibility and replication, the FAIR principles, practices of minimal information standards in related research fields, as well as publisher policies regarding data, materials, code, and protocol availability.

Main Provisions

Main Provisions: (1) Publication in the metaengineering paradigm should be regarded as a reproducible package of evidence rather than a descriptive report. (2) FAIR should be interpreted as criteria for the suitability of data and associated digital artifacts for reuse, including machine interoperability and traceability of provenance. (3) For key subdomains of food research, institutionalization of “minimal information” about raw materials, processes, sample preparation, and analytics is required. (4) Computational reproducibility (code, parameters, environment versions) becomes mandatory wherever conclusions depend on digital processing. (5) Standardized citation of food data enhances traceability and quality of secondary use.

Conclusion

Conclusion: A minimal editorial standard is proposed, including a mandatory data availability statement, provision of protocols and structured metadata, publication of computational artifacts when a computational component is present, correct identification and citation of food datasets, and explicit description of access restrictions. The expected effect is an increase in the comparability of studies, a reduction in transactional costs of reuse, and a strengthening of the “laboratory–production” linkage for research results in the field of food metaengineering.

воспроизводимостьрепликациястандарты данныхметаданныепротоколыFAIRуправление данными исследованийвычислительная воспроизводимостьдоступность данныхцитирование данныхпрозрачность методовредакционная политикаповторное использование данныхиндустриальная переносимость результатовоткрытая наукаreproducibilityreplicationdata standardsmetadataprotocolsFAIRresearch data managementcomputational reproducibilitydata availabilitydata citationmethod transparencyeditorial policydata reuseindustrial transferability of resultsopen scienceReferencesТихонова Е.В., Косычева М.А. Политика журнала в отношении доступности данных: вызовы и возможности. Health, Food & Biotechnology. 2024;6(4). https://doi.org/10.36107/hfb.2024.i4.s251Тихонова Е.В., Косычева М.А. Политика журнала в отношении доступности данных: вызовы и возможности. Health, Food & Biotechnology. 2024;6(4). https://doi.org/10.36107/hfb.2024.i4.s251Baker M. (2016). 1,500 scientists lift the lid on reproducibility. Nature, 533(7604), 452–454. https://doi.org/10.1038/533452aBaker M. (2016). 1,500 scientists lift the lid on reproducibility. Nature, 533(7604), 452–454. https://doi.org/10.1038/533452aBrazma, A., Hingamp, P., Quackenbush, J., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., & et al. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—Toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29(4), 365–371. https://doi.org/10.1038/ng1201-365Brazma, A., Hingamp, P., Quackenbush, J., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., & et al. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—Toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29(4), 365–371. https://doi.org/10.1038/ng1201-365Forester, S., Jennings-Dobbs, E., & Burton-Freeman, B. (2023). Development of a Comprehensive Food Data Citation Standard: A Surprising Gap in the Nutrition Research Literature. Current developments in nutrition, 8(1), 102048. https://doi.org/10.1016/j.cdnut.2023.102048Forester, S., Jennings-Dobbs, E., & Burton-Freeman, B. (2023). Development of a Comprehensive Food Data Citation Standard: A Surprising Gap in the Nutrition Research Literature. Current developments in nutrition, 8(1), 102048. https://doi.org/10.1016/j.cdnut.2023.102048Ioannidis J. P. (2005). Why most published research findings are false. PLoS medicine, 2(8), e124. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124Ioannidis J. P. (2005). Why most published research findings are false. PLoS medicine, 2(8), e124. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. (2019). Reproducibility and replicability in science. The National Academies Press.National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. (2019). Reproducibility and replicability in science. The National Academies Press.Nature Food Editorial Policies. (n.d.). Reporting standards and availability of data, materials, code and protocols. Nature Food.Nature Food Editorial Policies. (n.d.). Reporting standards and availability of data, materials, code and protocols. Nature Food.Nüst, D., & Eglen, S. J. (2021). CODECHECK: an Open Science initiative for the independent execution of computations underlying research articles during peer review to improve reproducibility. F1000Research, 10, 253. https://doi.org/10.12688/f1000research.51738.2Nüst, D., & Eglen, S. J. (2021). CODECHECK: an Open Science initiative for the independent execution of computations underlying research articles during peer review to improve reproducibility. F1000Research, 10, 253. https://doi.org/10.12688/f1000research.51738.2Springer Nature. (n.d.). Data availability statements: Guidance for authors and editors.Springer Nature. (n.d.). Data availability statements: Guidance for authors and editors.Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J. W., da Silva Santos, L. B., Bourne, P. E., Bouwman, J., Brookes, A. J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C. T., Finkers, R., Gonzalez-Beltran, A., … Mons, B. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific data, 3, 160018. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J. W., da Silva Santos, L. B., Bourne, P. E., Bouwman, J., Brookes, A. J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C. T., Finkers, R., Gonzalez-Beltran, A., … Mons, B. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific data, 3, 160018. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18Taylor, C. F., Paton, N. W., Lilley, K. S., Binz, P.-A., Julian, R. K., Jones, A. R., Zhu, W., Apweiler, R., Aebersold, R., Deutsch, E. W., Dunn, M. J., Heck, A. J. R., Leitner, A., Macht, M., Mann, M., Martens, L., Neubert, T. A., Patterson, S. D., Ping, P., ... Hermjakob, H. (2007). The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). Nature Biotechnology, 25(8), 887-893.Taylor, C. F., Paton, N. W., Lilley, K. S., Binz, P.-A., Julian, R. K., Jones, A. R., Zhu, W., Apweiler, R., Aebersold, R., Deutsch, E. W., Dunn, M. J., Heck, A. J. R., Leitner, A., Macht, M., Mann, M., Martens, L., Neubert, T. A., Patterson, S. D., Ping, P., ... Hermjakob, H. (2007). The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). Nature Biotechnology, 25(8), 887-893.ReferencesReferencesTikhonova, E.V., & Kosycheva, M.A. (2024). Journal Data Accessibility Policies: Challenges and Opportunities. Health, Food & Biotechnology, 6(4), 6-20. (In Russ.) https://doi.org/10.36107/hfb.2024.i4.s251Tikhonova, E.V., & Kosycheva, M.A. (2024). Journal Data Accessibility Policies: Challenges and Opportunities. Health, Food & Biotechnology, 6(4), 6-20. (In Russ.) https://doi.org/10.36107/hfb.2024.i4.s251Baker M. (2016). 1,500 scientists lift the lid on reproducibility. Nature, 533(7604), 452–454. https://doi.org/10.1038/533452aBaker M. (2016). 1,500 scientists lift the lid on reproducibility. Nature, 533(7604), 452–454. https://doi.org/10.1038/533452aBrazma, A., Hingamp, P., Quackenbush, J., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., & et al. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—Toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29(4), 365–371. https://doi.org/10.1038/ng1201-365Brazma, A., Hingamp, P., Quackenbush, J., Sherlock, G., Spellman, P., Stoeckert, C., & et al. (2001). Minimum information about a microarray experiment (MIAME)—Toward standards for microarray data. Nature Genetics, 29(4), 365–371. https://doi.org/10.1038/ng1201-365Forester, S., Jennings-Dobbs, E., & Burton-Freeman, B. (2023). Development of a Comprehensive Food Data Citation Standard: A Surprising Gap in the Nutrition Research Literature. Current developments in nutrition, 8(1), 102048. https://doi.org/10.1016/j.cdnut.2023.102048Forester, S., Jennings-Dobbs, E., & Burton-Freeman, B. (2023). Development of a Comprehensive Food Data Citation Standard: A Surprising Gap in the Nutrition Research Literature. Current developments in nutrition, 8(1), 102048. https://doi.org/10.1016/j.cdnut.2023.102048Ioannidis J. P. (2005). Why most published research findings are false. PLoS medicine, 2(8), e124. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124Ioannidis J. P. (2005). Why most published research findings are false. PLoS medicine, 2(8), e124. https://doi.org/10.1371/journal.pmed.0020124National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. (2019). Reproducibility and replicability in science. The National Academies Press.National Academies of Sciences, Engineering, and Medicine. (2019). Reproducibility and replicability in science. The National Academies Press.Nature Food Editorial Policies. (n.d.). Reporting standards and availability of data, materials, code and protocols. Nature Food.Nature Food Editorial Policies. (n.d.). Reporting standards and availability of data, materials, code and protocols. Nature Food.Nüst, D., & Eglen, S. J. (2021). CODECHECK: an Open Science initiative for the independent execution of computations underlying research articles during peer review to improve reproducibility. F1000Research, 10, 253. https://doi.org/10.12688/f1000research.51738.2Nüst, D., & Eglen, S. J. (2021). CODECHECK: an Open Science initiative for the independent execution of computations underlying research articles during peer review to improve reproducibility. F1000Research, 10, 253. https://doi.org/10.12688/f1000research.51738.2Springer Nature. (n.d.). Data availability statements: Guidance for authors and editors.Springer Nature. (n.d.). Data availability statements: Guidance for authors and editors.Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J. W., da Silva Santos, L. B., Bourne, P. E., Bouwman, J., Brookes, A. J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C. T., Finkers, R., Gonzalez-Beltran, A., … Mons, B. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific data, 3, 160018. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18Wilkinson, M. D., Dumontier, M., Aalbersberg, I. J., Appleton, G., Axton, M., Baak, A., Blomberg, N., Boiten, J. W., da Silva Santos, L. B., Bourne, P. E., Bouwman, J., Brookes, A. J., Clark, T., Crosas, M., Dillo, I., Dumon, O., Edmunds, S., Evelo, C. T., Finkers, R., Gonzalez-Beltran, A., … Mons, B. (2016). The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Scientific data, 3, 160018. https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18Taylor, C. F., Paton, N. W., Lilley, K. S., Binz, P.-A., Julian, R. K., Jones, A. R., Zhu, W., Apweiler, R., Aebersold, R., Deutsch, E. W., Dunn, M. J., Heck, A. J. R., Leitner, A., Macht, M., Mann, M., Martens, L., Neubert, T. A., Patterson, S. D., Ping, P., ... Hermjakob, H. (2007). The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). Nature Biotechnology, 25(8), 887-893.Taylor, C. F., Paton, N. W., Lilley, K. S., Binz, P.-A., Julian, R. K., Jones, A. R., Zhu, W., Apweiler, R., Aebersold, R., Deutsch, E. W., Dunn, M. J., Heck, A. J. R., Leitner, A., Macht, M., Mann, M., Martens, L., Neubert, T. A., Patterson, S. D., Ping, P., ... Hermjakob, H. (2007). The minimum information about a proteomics experiment (MIAPE). Nature Biotechnology, 25(8), 887-893.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.